T4 DNA连接酶(T4 DNA ligase),生物界的“502” - 翌圣生物
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这三种方法的原理基本一样,都是利用DNA 连接酶形成磷酸二酯键来封闭DNA 片段之间的间隙。
整理小结. T4lig最早从T4嗜菌体感染的E. coli ...
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T4DNA连接酶(T4DNAligase),生物界的“502”
T4DNA连接酶(T4Lig)在分子克隆和高通量测序文库构建中有着不可或缺的作用,目前市场上存在有多种类型的该产品,追本溯源这些产品对应的本质相同,那么对应本质到底是什么呢? 背景须知DNA 连接酶是一种能够催化相邻DNA 的3’-OH 和5’- 磷酸基末段形成磷酸二酯键,并且把两段DNA 拼接起来的核酸酶。
T4Lig是目前应用比较多的病毒基因组编码的DNA 连接酶,主要从缺失型嗜菌体中提取,噬菌体T4 的30 基因是该酶的合成基因。
图1.DNA连接酶模拟结构图结构了解数据库中(UniProtKB登录号:P00970)显示出DNA连接酶有三个保守性结构域:DNA 结合结构域DBD(DNA-bindingdomain,M1~L129),腺苷酰化结构域AdD(adenylaitiondomain,I130~E368),寡核苷酸链结合结构域OB(oligonucleotide-binding-fold,V369~E482)。
图2、T4lig 模拟结构,R164、R182、R359、K365 是ATP 结合位点,E217、E344 二价金属离子结合位点作用机制A 连接反应机理是基于切口双链DNA 底物得到的。
连接反应由三步完成:①T4DNAligase先由ATP供能产生E-AMP复合物;②E-AMP复合物识别双链DNA切口位置,将AMP转移到5’-P基团,形成5’-P-AMP复合物;③3’-OH亲核攻击5’-P-AMP形成磷酸二酯键,并释放出AMP. 图3、T4DNA连接酶作用原理图连接方法和主要应用利用目前已知的T4Lig的连接特点,在具体的基因工程操作中,科研人员对DNA片段的连接方法分为以下三种:(1)连接dsDNA的粘性末端:用限制性核酸内切酶酶切,形成具有黏性末端的DNA 片段,利用DNA 连接酶直接连接; 应用:载体构建,大分子条带的连接(2)连接平末端:对于平末端的DNA片段的连接常利用T4DNA连接酶连接 应用:高保真扩增后的平末端条带的连接、平末端载体构建(3)连接人为合成粘性末端:在DNA片段末端加上poly(dA)-poly(dT)尾,或化学合成的衔接物或接头,使之形成黏性末端之后,再用DNA连接酶将它们连接起来 应用:NGS文库构建中接头的连接这三种方法的原理基本一样,都是利用DNA 连接酶形成磷酸二酯键来封闭DNA 片段之间的间隙。
整理小结 T4lig最早从T4嗜菌体感染的E.coli 提取. 后来发现DNA复制缺失型嗜菌体中连接酶产量更高,作为连接酶的主要来源。
人们发现T4的合成基因,了解作用机理,并逐步推广应用,目前市场供应连接酶主要通过基因工程方法生产,不同公司在此基础上经过不同基因位点的改造和筛选,使之对应的T4DNA酶效不断提高。
翌圣生物成立于2014年,专注于分子酶的生产和改造,是一家拥有多重酶改造技术的高新技术企业;不仅生产高质量的普通T4DNAligase,同时利用定向改造技术,将T4DNAligase的有效催化活性结构域通过多轮突变筛选,得到一种连接活性更强的突变型T4DNAligase。
普通T4DNAligase可满足日常的大部分实验,具体极高的性价比。
FastT4DNAligase具有高效的连接能力,非常适合复杂结构核酸片段的连接,如进行FFPE和cfDNA文库的构建、华大测序平台接头的连接等。
订购信息产品名称货号规格Hieff® GoldT4DNALigase(5U/µL)10300ES80/971000/50000UHieff® QuickT4DNALigase(400U/µL)10301ES4040000UHieff® FastT4DNAligase(400U/µL)10299ES4040000UHieffNGS® UltimaDNALigationModule12604ES24/9624/96THieffNGS® Fast-PaceDNALigationModule12607ES24/9624/96T参考文献:1. LohmanGJS,ChenL,EvansTC.KineticCharacterizationofSingleStrandBreakLigationinDuplexDNAbyT4DNALigase[J].JournalofBiologicalChemistry,2011,286(51):44187-44196.2. MartinIV,MacneillSA.ATP-dependentDNAligases[J].GenomeBiology,2002,3(4):reviews3005(1-7).3. Rossi,R.FunctionalcharacterizationoftheT4DNAligase:anewinsightintothemechanismofaction[J].NucleicAcidsResearch,1997,25(11):2106-2113.4. 徐广志.DNA连接酶的种类和作用机制[J].生物化工,2018,4(05):128-130.5. 贺添艳,刘亚娟,徐文选,etal.T4DNA连接酶性质及其平端连接功能[J].河南科学,2016,34(7):1058-1062.
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