全基因體定序Whole Genome Sequencing - 圖爾思公司

全基因體定序Whole Genome Sequencing · DNA總量: Nanopore平台定序： High Molecular Weight Genomic DNA, HMW DNA ≧ 10 ug · 樣品純度及片段大小： OD260/OD280 = 1.8-2.0 全基因體定序WholeGenomeSequencing 首頁技術服務第三代定序服務(PacBio/ONT)OxfordNanoporeTechnologies全基因體定序WholeGenomeSequencing 技術服務 次世代定序服務(NGS) 微生物基因體定序 基因體定序 RNA定序 第三代定序服務(PacBio/ONT) OxfordNanoporeTechnologies PacBio 10xGenomics 生物技術服務中心 胜肽合成服務(Peptidessynthesis) 蛋白表達服務(ProteinExpressionService) 客製化抗體服務(CustomizedAntibodyService) 酵素免疫分析法服務(ELISAservice) 組織包埋切片免疫組織染色服務(IHC) 端粒長度偵測服務(Telomerelengthmeasurementservice) RNAi/miRNAMimics&Inhibitors合成服務 基因與轉錄組檢測服務(GeneandmRNAdetectionservice) 探針合成服務(ProbeSynthesis) CRISPR/Cas9基因編輯材料 基因合成服務(Genesynthesis) 樣品製備服務(Samplepreparation) 小分子定量檢測(SmallMoleculeQuantification) 蛋白質體服務(Proteomics) 二維電泳(2DGel) 蛋白質定性分析 蛋白質轉譯後修飾作用分析(PTM) 蛋白質定量分析 蛋白質結合分析 生物資訊分析(Bioinformatics) 代謝體服務 非標靶代謝質體學分析 標靶代謝質體學分析 代謝體生物資訊分析 委託研究服務(CROservice) 重組蛋白表達服務(RecombinantProteinProductionService) 抗體生產、製備、開發技術服務(AntibodyProduction&DevelopmentService) 生物藥物研發服務(BiopharmaceuticalDevelopmentService) 全基因體定序WholeGenomeSequencing 結合Nanopore平台高準確率以及長片段定序的讀長優勢，既能準確檢測SNP/indel，更能正確分析大規模的基因結構變異(SV/CNV)及AllelePhasing，為基因體研究領域帶來全新視野 服務流程   樣品需求 DNA總量: Nanopore平台定序： HighMolecularWeight GenomicDNA,HMWDNA≧10ug DNA濃度:≧100ng/ul(Qubit®測定) 樣品體積:≧50ul ※濃度及體積為個別的建議最低要求，總量仍需達到10ug 樣品純度及片段大小： OD260/OD280=1.8-2.0 OD260/OD230= 2.0-2.2 要求主要DNA片段 ≧20kb，無降解且無汙染 建議主要DNA片段 ≧40kb，以取得更佳的定序品質 建議先行以0.6%-0.8%AgaroseGel電泳膠圖確認片段大小及DNA完整度，並於送件時提供膠圖結果，若樣品純度或片段大小分佈不符合要求，片段純化需額外收費 定序規格 三代長片段定序：NanoporePromethION   CourtesyofOxfordNanoporeTechnologies   常見問題 Q1.三代定序在WGS的應用上主要優勢有哪些? A:因三代定序的長讀長特性，使得三代定序在做組裝(Denovoassembly)、染色體支架(Chromosomescaffolding)、結構變異(Structuralvariation)、單倍體定相(Haplotypephasing)上較二代定序省時省力。

有些二代定序難定到的區域如：高GC含量、重複片段，三代定序也可較輕鬆突破。

Q2.如果要檢測基因變異，三代定序有什麼優勢? A:基因變異可分為多種，包含單核苷酸變異與拷貝數目變異。

三代定序主要優勢在於結構變異的偵測，對於>50bp以上的結構變異檢出數目較二代定序能夠偵測到的多出4-5倍。

了解更多：http://toolsbiotech.blog.fc2.com/blog-entry-145.html Q3.如果要檢測結構變異，建議定序深度為多少? A:偵測結構變異可分為多種目的。

根據PacBio原廠建議，若為一般族群間特異性的檢測，約10X左右。

罕見疾病等致病性結構變異，建議10-20X，若有需要做denovo的拼裝，則建議25X或者以上。

Q4.一般建議定序深度為多少? A:小基因體若要進行基因體的組裝及註解，通常建議1Gb的定序量，需視樣品基因體大小調整。

若為人類基因體，依照定序需求不同，建議15-25X定序深度，或者客製化定序深度。

Q5.一片晶片可以上多少樣品數? A:通常大基因體(如人類基因體)，建議2-3個樣品做一片Nanopore晶片。

如有特殊定序需求則規格另訂。

Q6.三代定序中，樣品萃取佔實驗成敗因素很大比例。

有建議萃取流程嗎? A:Nanoporecommunity中有根據不同物種建議的萃取步驟，可於實驗進行前做確認。

如有特殊物種欲進行定序可進行客製化討論。

Q7.在樣品製備上，通常建庫片段會多大? A:全基因體可分為小基因體(病毒、噬菌體、載體等)與人類、動植物基因體。

若為小基因體，通常建議使用未剪切的DNA進行定序。

若進行較大基因體如人類基因體，建議使用8-10KbDNA進行建庫。

Q8.若260/230比值不佳，該如何處理? A:可使用beads純化gDNA，以置換buffer的方式進行。

除了有機會改善260/230比值外，也可以去除過小片段，使得定序產出維持一定水準。

Q9.如果要使用PacBio平台做WGS，要如何選擇CLR還是CCS模式? A:根據原廠建議，若為單菌基因體、結構變異偵測，可使用CLR模式。

而其他品項則建議使用CCS模式，如：Denovo組裝(HiFi)、檢測基因變異等。

Q10.分析報告時間大約多久? A:樣品通過品質確認(QC)後，大約40個工作天的時間內可以拿到結果。

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