總基因體學小辭典(Glossary of Metagenomics) - 盛夏不等式

在以核酸為基礎的標的基因分析中，OTUs 定義為彼此相似度達特定閾值（例如97%）的序列集合，其含義則因研究目的而定。

以資料處理為例，OTUs 為樣本內具有 ... Home TheDoorintoAstrobiology MetagenomicsandBioinformaticsinMicrobialEcology TheJourneyinResearch 2020年2月6日星期四 總基因體學小辭典(GlossaryofMetagenomics) 為了規範今後寫文章的用詞，我將陸續整理總基因體學常用的詞彙。

Alignment比對比較序列之異同。

Amplicon擴增子 核酸序列經PCR增幅的產物。

Amliconsequencevariants(ASVs) 擴增子序列變異型擴增子當中存在的序列類型。

擴增子各序列的差異來源可分為生物性（例如：基因多型性、遺傳多樣性或群落多樣性）或是非生物性（定序錯誤、增幅錯誤或人工序列等），資料處理的目的便是從原始資料中取得具有生物含意的ASVs。

Community群落／群集 存在相同時地的族群(population)集合。

Coverage覆蓋率映對至參考序列的讀數。

Depthofcoverage（覆蓋深度，簡稱depth）是映對至局部參考序列（包含單獨的鹼基）的讀數，即參考序列片段被定序的次數；breadthofcoverage（覆蓋廣度）是參考序列被讀段所映對的鹼基數，即參考序列被定序的完整程度。

若某序列的一鹼基被定序了一萬次，則該鹼基的覆蓋深度為10000；若該序列的所有的鹼基皆至少被一個讀段映對，則這些讀段的覆蓋廣度為100%。

註：有些文章會以depth或coverage取代depthofcoverage，也有些文章會以coverage取代breadthofcoverage。

鑒於這些歧義的存在，需要視語境解讀coverage的意義。

Library （文）庫 備用物質的集合，例如sequencinglibraries（定序庫，要送諸定序的核酸片段）。

Mapping映對比對(align)讀段與參考序列，獲取讀段所屬的參考序列及所在的段落。

Mapping和alignment的差異在於：mapping是reference-based&supervised；alignment則是reference-free&unsupervised。

Mappingrate映對率成功映對至參考序列的讀數比率。

Mappingrate和coverage之各項指標的差異在於衡量基準，雖然皆指「應對至參考序列的讀數」，但mappingrate的比較基準是既有的讀數；coverage指標的比較基準是參考序列。

Microbiome 微生物體 (1)Micro-biome：環境與其中的微生物相(microbiota)。

(2)Microbi-ome：環境微生物的基因體集合(microbialmetagenome)。

Metagenomics總基因體學 研究個體的特定基因是遺傳學(genetics)，研究個體的全數基因是基因體學(genomics)，研究群集的基因集合是總基因體學(metagenomics)。

註：除了總（體）基因體學，metagenomics還依據譯者對meta-的詮釋，譯作元基因體學、多源基因體學和宏基因組學。

我認為多源基因體學意思最貼切，只是跟meta-的關聯不大；元基因體學取about的意思則詞不達意；而宏基因組學不是台灣常用的譯名。

簡言之，metagenomics的meta是meta-analysis的meta。

Microbiota微生物相 特定環境的微生物群集(microbialcommunities)以及其狀態(composition,phase,condition,...)。

Operationaltaxonomyunits(OTUs) 操作分類單元 在以核酸為基礎的標的基因分析中，OTUs定義為彼此相似度達特定閾值（例如97%）的序列集合，其含義則因研究目的而定。

以資料處理為例，OTUs為樣本內具有生物意義的正確序列的子集。

Population族群存在相同時地且同屬一物種的個體集合。

Populationsize族群規模族群的個體數量。

Read 讀段 單輪定序獲得的結果，例如：ATCGTACA(DNA)。

讀段與序列(sequences)的區別在於，讀段是定序儀器輸出的數據，而序列還有物質含義。

Readdepth讀深又稱sequencingdepth（定序深度），即參考序列之片段被定序的次數。

Readlength讀長讀段的長度。

Readnumber讀數讀段的數量。

在擴增子總基因體分析(metagenomics)中，因為參考序列與擴增子讀段往往呈一對一關係，所以讀深(readdepth) 的涵義通常與讀數一致 Referencesequence參考序列 欲將讀段與之比對的序列。

回貼讀段、移除汙染、註解物種或建立OTUs皆需要參考序列。

Sequences 序列 (1)核酸、去氧核酸、蛋白質等由單體組成的長鏈。

(2)同reads。

定序儀器的原始輸出，例如：ATCGTACA(DNA)。

於 2月06,2020 以電子郵件傳送這篇文章BlogThis！分享至Twitter分享至Facebook分享到Pinterest 標籤： Metagenomics 沒有留言: 張貼留言 較新的文章 較舊的文章 首頁 訂閱： 張貼留言(Atom) SearchThisBlog AboutMe 超級boy 「我現在，是超級boy。

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