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本校創立迄今已五十 一年，中醫藥教育一直是本校之重點，2003年升格為中國醫藥大學後，中醫學院終於成立，目前中醫學院包括中醫學系（學士班、碩士班及博士班, 原中國醫學研究所於98學年度合併至中醫學系）、學士後中醫學系、中西醫結合研究所碩士班以及針灸研究所碩士班，擔負中醫養成教育、中醫研究人才及師資培育之工作。
目前本院在教學上分為六大學科（包括了中醫基礎學科、中醫內科學科、中醫針灸學科、中醫方藥學科、中醫外傷學科及中醫診斷學科），行政工作上另設有院務委員會、中醫教育改革委員會、教師評審委員會、課程委員會、研究發展委員會、共同實驗室管理
