Some tricks for genomic DNA - 人生沒有用不到的經歷

學弟們好像有被安排進老師的實驗室，有一位學弟提到Genomic DNA 之純化， ... 下一步是 Phenol/chloroform 萃取，注意把 Sample 分成兩管，一管1/3 另 ... 關閉廣告 人生沒有用不到的經歷 跳到主文 國防醫學院二三事，歡迎學長、學弟妹、及國醫的朋友們光臨。

部落格全站分類：心情日記 相簿 部落格 留言 名片 Aug20Sat201115:58 SometricksforgenomicDNA 學弟們好像有被安排進老師的實驗室，有一位學弟提到GenomicDNA之純化，很多人不曉得其中的tricks，實驗常失敗，下面是我的經驗： 如果你用Commercialkit去純化，要注意細胞(白血球)數目不宜過多。

純化的原理是用1%SDS(inTEbuffer)將細胞溶解，然後加ProteinaseK分解DNA-bindingproteins。

ProteinaseK要作用overnight。

另外要加RNaseA分解RNA。

此時你要注意，ProteinaseK常常無法將DNA-bindingproteins完全分解，但你很難確知DNA-bindingproteins是否真的完全分解！ 下一步是Phenol/chloroform萃取，注意把Sample分成兩管，一管1/3 另一管2/3，只萃取1/3那一管(萃取是除去蛋白質碎片)。

離心之後，只吸取上清液“上面3/4”，下面1/4沒把握就不要吸，Interface很髒勿碰。

當你吸取上清液時，如果有東西自Interface被Tip拉上來，那就是DNA與DNA-bindingproteins，這很麻煩，代表DNA-bindingproteins沒被完全分解。

你必須再去離心一次，然後只吸取上面1/2，其他忍痛丟掉。

萃取兩次之後，加0.1volume3MNaOAcpH5.2與1volumeIsopropanol充分混合後離心將DNA沉澱下來。

如果你的下一步實驗(例如PCR)做不出來，很可能是DNA的品質有問題，多半是上述“ProteinaseK沒將DNA-bindingproteins完全分解”。

DNA的品質不好無法挽回，因為DNA與proteins一起沉澱後就分不開。

此時別緊張，你還有2/3的Sample，再加一點ProteinaseK，設法讓DNA-bindingproteins完全分解。

接下來拿一半Sample去做Phenol/chloroform萃取，重覆上面的離心與沉澱。

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